税收罚款金额多少对国家高新资格的影响

2016年1月1日以后，税收罚款对高新技术企业资格已经没有影响了。因为《高新技术企业认定管理办法（2016年修订版）》（国科发火〔2016〕32号《科技部 财政部 国家税务总局关于修订印发的通知》附件），已经将原来企业偷税取消高新技术企业资格的条款删除了。


《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号）
第十九条 已认定的高新技术企业有下列行为之一的，由认定机构取消其高新技术企业资格：
（一）在申请认定过程中存在严重弄虚作假行为的；
（二）发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为的；
（三）未按期报告与认定条件有关重大变化情况，或累计两年未填报年度发展情况报表的。
对被取消高新技术企业资格的企业，由认定机构通知税务机关按《税收征管法》及有关规定，追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。

个体工商户没有注销，已经过去三年了，想问下会有很严重处罚吗？

根据规定个体工商户未按规定期限报送年度报告的，工商行政管理部门将按有关规定将其标记为经营异常状态，并通过信息公示平台向社会公示。连续三年未年报，其标记为严重失信。对你的银行贷款，再经营相关行业等有一定限制。
现在你可以补报前面三年的年报并到当地市场监督管理局申请移出经营异常状态。